U rijeci Krki živi trideset jedna vrsta riba, što je 20,7 % ukupnog broja riba zabilježenih u Hrvatskoj.
Gornji tok Krke područje je hladne i brze vode, u kojem prevladavaju pastrve. U donjem toku rijeka ima sporiji tok i ujezerene dijelove, u kojima prevladavaju šaranke. U ihtiomasi dominiraju ilirski klen (Squalius illyricus) i drlja (Scardinius dergle).
Devet vrsta su endemi jadranskog slijeva, a tri stenoendemi rijeke Krke, od kojih je kritično ugrožena vrsta (CR) visovački glavočić (Knipowitschia mrakovcici), a ugrožene vrste (EN) visovačka pastrva (Salmo visovacensis) i zlousta (Salmothymus obtusirostris).
Četiri su Natura ciljne vrste: osjetljiva vrsta (VU) dalmatinska gaovica (Phoxinellus dalmaticus) i ugrožene vrste (EN) oštrulja (Aulopyge huegelii), mren (Barbus plebejus) i glavočić crnotrus (Pomatoschistus canestrinii).
Posljednjih godina došlo je do promjena u ribljem fondu i pojave invazivnih vrsta, unesenih iz dunavskog slijeva. NP „Krka“ intenzivno radi na njihovom izlovu u suradnji s lokalnim stanovništvom.
