Gmazovi su na području NP „Krka“ zastupljeni s dvadeset dvije vrste, od kojih je šesnaest strogo zaštićeno.
Među endemima Balkanskog poluotoka ističu se tri vrste guštera: krška gušterica (Podarcis melisellensis), mrki ljuskavi gušter (Algyroides nigropunctatus) i oštroglava gušterica (Lacerta oxycephala). Pažnju svojom bojom privlači i atraktivni veliki zelembać (Lacerta trilineata), koji u duljinu može narasti više od pola metra.
U skupini gmazova tri su Natura ciljne vrste: barska kornjača (Emys orbicularis), kopnena kornjača (Testudo hermanni) i crvenkrpica (Zamenis situla), najljepša zmija u Hrvatskoj.
Dvije vrste zmija vezane su za vodena staništa: bjelouška (Natrix natrix) i ribarica (Natrix tessellata). U Parku je samo jedna zmija otrovnica, poskok (Vipera ammodytes), prepoznatljiv po karakterističnoj cik-cak prugi na leđima i roščiću na vrhu nosa.
