Ptice čine važan dio ukupne bioraznolikosti rijeke Krke. Sa zabilježenih dvjesto dvadeset devet ptičjih vrsta, područje NP „Krka“ među najbogatijim je ornitološkim područjima u Hrvatskoj, važno kao odmorište za ptice preletnice, ali i za zimovalice.
U kopnenim staništima zabilježene su sto četrdeset dvije vrste ptica, od toga devedeset jedna gnjezdarica. Najčešće vrste na tim staništima jesu crnogrla strnadica (Emberiza cirlus), crnoglava strnadica (Emberiza melanocephala) i bjelobrka grmuša (Sylvia cantillans). Kamenjarski travnjaci stanište su trideset jedne vrste ptica, među kojima je najbrojnija primorska trepteljka (Anthus campestris), dok su na dijelovima obraslim gustom sastojinom šmrike i alepskog bora zabilježene četrdeset dvije vrste, među kojima se ističu grmuše (Sylvia sp.). Kamenjari i sipari na rubovima kanjona stanište su osamnaest vrsta, među kojima je tipična jarebica kamenjarka (Alectoris graeca). Šume hrasta medunca uz obale Visovačkog jezera stanište su trideset pet vrsta, a najzastupljenije su vijoglav (Jynx torquilla), plavetna sjenica (Cyanistes caeruleus), šojka (Garrulus glandarius), žutarica (Serinus serinus) i dr. Stijene i litice naseljavaju dvadeset dvije vrste, dok su urbana područja staništa šezdeset pet vrsta, od toga četrdeset devet gnjezdarica, od kojih su najbrojnije lastavica (Hirundo rustica), piljak (Delichon urbicum) i vrapci (Passer sp.). Na vodenim staništima zabilježeno je devedeset vrsta ptica: dvadeset pet vrsta gnjezdarica, pedeset vrsta selica i petnaest vrsta zimovalica. Najbrojnija vrsta je liska (Fulica atra).
Od sredine 20 st. s područja Parka nestalo je šest ptica grabljivica: crkavica (Neophron percnopterus), bjeloglavi sup (Gyps fulvus), suri orao (Aquila chrysaetos), prugasti orao (Aquila fasciata), bjelonokta vjetruša (Falco naumanni) i sivi sokol (Falco pelegrinus).
