Kao najbrojnija skupina životinjskog svijeta, kukci (Insecta) svoju raznolikost pokazuju i u porječju rijeke Krke nastanjujući i vodena i kopnena staništa.
Istraživanjem vodenih kukaca zabilježeno je četrnaest vrsta obalčara (Plecoptera) od kojih je jedanaest strogo zaštićeno, i pedeset osam vrsta tulara (Trichoptera). Od obalčara, najrasprostranjenija vrsta je Isoperla illyrica, endem izvorišnih područja dinarskog krša.
Pažnju privlače živo obojena vretenca (Odonata), s trideset osam vrsta zabilježenih na različitim tipovima vodenih staništa. Najistaknutija među njima jesu prugasta konjska smrt (Calopteryx splendens) i modra konjska smrt (C. virgo), uz brži tok vode, dok ujezerene dijelove i lokve najčešće prelijeću mali car (Anax parthenope), veliki car (A. imperator) i modra kosjenka (Erythromma lindenii).
Od kopnenih staništa, travnjaci su idealna staništa za leptire, skakavce, bogomoljke i zrikavce. Danjih leptira je osamdeset jedna vrsta, a najbrojnija je porodica plavaca (Lycaenidae). U porodici bijelaca (Pieridae) ističe se kleopatra (Gonepteryx cleopatra), čija je populacija na području Skradinskog buka jedna od najvećih u Hrvatskoj. Skakavaca su pronađene dvadeset dvije vrste, zrikavaca četrnaest, a bogomoljki tri, od kojih je najčešća upravo Mantis religiosa.
Fauna kornjaša također je bogata i raznolika, a najbrojniji su oni iz porodice trčaka (Carabidae) i kozaka (Dytiscidae). Dvije podvrste trčaka, Carabus caelatus dalmatinus i Palaeostigus ruficornis dalmatinus, dalmatinski su endemi.
