Podzemna staništa obilježava nedostatak svjetla i izmjene dana i noći, nedostatak sezonalnosti, vrlo visoka i stabilna relativna vlažnost zraka blizu potpunog zasićenja, relativno stabilna temperatura zraka, niska i stabilna temperatura vode te relativno mala količina hrane koja dolazi iz nadzemnih staništa i, posljedično, kratki hranidbeni lanac u kojem dominiraju strvinari.
Životinje koje naseljavaju podzemlje razvile su se od nadzemnih predaka, prilagođavajući se djelomično ili u potpunosti zahtjevnim uvjetima staništa tijekom dugog niza godina, razvijajući nova obilježja uz istovremeni gubitak pojedinih regresivnom evolucijom. U prilagodbe na život u podzemlju spadaju redukcija organa za vid, gubitak pigmenta, stanjenje integumenta, produljenje dijelova tijela i razvoj ostalih osjetila, usporen metabolizam, dugovječnost, nizak stupanj reprodukcije, nakupljanje rezerva masti, smanjenje agresivnosti, prestanak dnevno/noćnog ritma aktivnosti i prestanak sezonskih promjena.
Pojedine životinje samo zalaze u podzemlje zbog različitih potreba, kao što su sklanjanje od nepovoljnih uvjeta na površini, hibernacija ili razmnožavanje.
U speleološkim objektima na području Parka do sada je evidentirano oko sto sedamdeset svojti, od kojih su mnoge endemi Dinarida i Hrvatske, a četiri su endemi NP „Krka“ (stenoendemi): pužići Krkina dalmatela (Dalmatella sketi) i Skradinska lanzaja (Lanzaia skradinensis), striga Špiljska velekamenjarka (Eupolybothrus cavernicolus) i Margušev špiljski skokun (Verhoeffiella margusi). Tijekom recentnih istraživanja skupljeno je više svojti za koje je preliminarnim pregledom utvrđeno da se radi o novim vrstama, ali znanstveno još nisu opisane.
Najpoznatiji stanovnik podzemlja u Parku čovječja je ribica (Proteus anguinus), endem Dinarida, jedini pravi podzemni kralježnjak u Europi. Vode u podzemlju Parka naseljava i dinarski špiljski cjevaš (Marifugia cavatica), također endem Dinarida. U špiljama Parka skloništa pronalaze i šišmiši: u njima hiberniraju i/ili formiraju porodiljne kolonije.
