Speleogeneza je složeni proces nastanka i razvoja speleoloških objekata i dio je sveukupnog procesa okršavanja.
Speleogenezom nastaju speleološki objekti različitih oblika i unutrašnjih morfoloških značajki, obuhvaćeni pojmom speleomorfologije. Speleogenezom i speleomorfologijom bavi se geospeleologija, grana speleologije koja istražuje oblik i nastanak speleoloških objekata u kršu i sedimenata unutar njih te klimatologiju, hidrologiju i geofiziku podzemlja.
Za proces speleogeneze, a time i nastanak i razvoj krša, potrebna su tri temeljna uvjeta: topive stijene, sekundarna poroznost i prisutnost vode. Glavni geomorfološki proces kojim voda destrukcijski djeluje na stijene jest korozija.
Tijek speleogeneze može se pratiti kroz nekoliko faza. Speleogeneza započinje izlaganjem topivih stijena atmosferskom utjecaju. Osim površinske korozije, iz atmosfere se duž pukotina procjeđuje oborinska voda koja korodira njihove stijenke. Taj je proces vrlo spor. Kad voda probije put od ulaza do izlaza iz krškog sustava (izvora), pukotine poprime funkciju krškog provodnika. Voda se sve brže kreće kroz tu pukotinu i širi je, ali još uvijek ne stvara špilju. Daljnjim širenjem pukotina se, uslijed pojačane denudacije stijenki, pretvara u kanal. Širenjem kanala povećava se protok vode, pa se procesu korozije pridružuje i fluvijalna erozija, odnosno proces mehaničkog drobljenja i odnošenja čestica stijena radom vodenog toka. Na proces speleogeneze veliki utjecaj imaju i promjena položaja erozijske baze i razina vode. Snižavanjem razine vode dolazi do usijecanja kanjona, dok se podizanjem razine vode pojačava denudacija u stropu kanala pa nastaju različiti oblici žljebova. Taj proces naziva se parageneza.
Dugotrajnim snižavanjem razine erozijske baze stvara se više razina kanala a dolazi i do urušavanja te stvaranja sigovine u kanalima iznad razine vodenog toka. Završna faza u razvoju speleološkog objekta počinje onda kad on izgubi hidrogeološku funkciju. Špiljski prostor sve se više zapunjuje sigovinom. Uslijed površinske krške denudacije razina površine također se spušta pa može uzrokovati mjestimično urušavanje nestabilnog špiljskog stropa, a zatim i cijelog špiljskog kanala tako da nastanu bezstropne špilje. Važno je istaknuti da na taj proces veliki modifikatorski utjecaj imaju tektonika, hidrogeološka i litološka obilježja stijena, geomorfološki procesi, klimatske promjene, promjene razine mora i dr.
Na području NP „Krka” speleološki objekti formirani su u raznim vrstama geološkog supstrata, s izuzetkom flišnih i dolomitnih naslaga. Većina objekata formirana je unutar prominskih naslaga, konglomeratično-laporovito-vapnenačkog sastava, i u rudistnim vapnencima.
U kvartalnim tvorevinama formiranje speleoloških objekata vezano je za sedrene barijere. Iako su uglavnom malih dimenzija, te su špilje posebno zanimljive zato što su nastale u fosilnoj sedri i zbog sedrenih špiljskih ukrasa u njima.
Na području NP „Krka” istraženo je šezdeset sedam speleoloških objekata.
