Više od sto vrsta i podvrsta zabilježenih u Parku ima neki od statusa ugroženosti prema IUCN-u.
Među ugroženim svojtama prevladavaju biljke vodenih, močvarnih i vlažnih staništa, dok su ugrožene svojte orhideja (Orchidaceae) uglavnom vezane za suha otvorena staništa kao što su kamenjarski travnjaci.
Jedna od strogo zaštićenih vrsta, koja ima status kritično ugrožene (CR), je rigasta bekmanija (Beckmannia eruciformis), čiji je nalaz u NP „Krka“ jedini u Hrvatskoj. Valja istaknuti i strogo zaštićeni višesjemeni žabočun (Damasonium polyspermum), koji je unutar Parka pronađen samo na jednom lokalitetu.
