Endemi zauzimaju 3,47 % flore Parka.
Najvećim dijelom pripadaju skupini ilirsko-jadranskih endema.
Među njima je čak deset stenoendema, vrsta koje nalazimo samo unutar granica Hrvatske.
Kao posebnost flore NP „Krka“ mogu se istaknuti dvadeset dvije vrste orhideja, među kojima je pet endema iz roda kokica ili pčelica (Ophrys), od kojih su četiri stenoendemi.
